CANDO

CanDo是一個(gè)有限元建?？蚣?，由首爾國(guó)立大學(xué)的Do-Nyun Kim教授在麻省理工學(xué)院擔(dān)任博士后研究員期間，于Prof. Mark Bathe的實(shí)驗(yàn)室發(fā)明并開發(fā)。最初，CanDo只能對(duì)使用caDNAno設(shè)計(jì)的蜂窩和方形晶格DNA組件進(jìn)行建模，且與Hendrik Dietz教授（慕尼黑工業(yè)大學(xué)）的實(shí)驗(yàn)室合作發(fā)表相關(guān)成果，其實(shí)驗(yàn)對(duì)CanDo的預(yù)測(cè)進(jìn)行了大量驗(yàn)證。隨后，Keyao Pan博士在Bathe教授實(shí)驗(yàn)室做博士后時(shí)，基于Kim教授的工作，實(shí)現(xiàn)了使用Tiamat或CanDo文件格式進(jìn)行無晶格建模，并與Hao Yan教授（亞利桑那州立大學(xué)）的實(shí)驗(yàn)室合作發(fā)表成果，同時(shí)還開發(fā)了從CanDo有限元建模預(yù)測(cè)生成原子結(jié)構(gòu)以及使用布朗動(dòng)力學(xué)模擬DNA組件長(zhǎng)時(shí)間尺度動(dòng)力學(xué)的功能。CanDo利用DNA的機(jī)械模型預(yù)測(cè)程序化DNA組件的三維溶液形狀和靈活性，將相鄰DNA雙鏈連接起來的雙鏈交叉基序納入其中，以預(yù)測(cè)復(fù)雜的三維形狀，其有限元模擬最初使用ADINA軟件，2018年3月1日起，其在線服務(wù)器更換為達(dá)索系統(tǒng)公司的Abaqus軟件。用戶可以通過caDNAno、Tiamat或CanDo文件格式生成輸入DNA拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)來運(yùn)行CanDo，既可以使用在線服務(wù)器，也可下載到本地計(jì)算機(jī)運(yùn)行（需安裝MATLAB、UCSF Chimera以及Abaqus或ADINA軟件）。CanDo的開發(fā)得到了美國(guó)海軍研究辦公室、美國(guó)國(guó)家科學(xué)基金會(huì)、美國(guó)陸軍研究辦公室、韓國(guó)國(guó)家研究基金會(huì)等的資助，達(dá)索系統(tǒng)公司為CanDo在線網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器提供免費(fèi)使用Abaqus有限元求解器的許可條款。使用CanDo進(jìn)行科學(xué)研究時(shí)，建議用戶引用相關(guān)主要和次要出版物，以對(duì)其發(fā)明者和開發(fā)者進(jìn)行科學(xué)歸因 。