CANDO

CanDo是一個有限元建模框架，由首爾國立大學的Do-Nyun Kim教授在麻省理工學院擔任博士后研究員期間，于Prof. Mark Bathe的實驗室發(fā)明并開發(fā)。最初，CanDo只能對使用caDNAno設計的蜂窩和方形晶格DNA組件進行建模，且與Hendrik Dietz教授（慕尼黑工業(yè)大學）的實驗室合作發(fā)表相關成果，其實驗對CanDo的預測進行了大量驗證。隨后，Keyao Pan博士在Bathe教授實驗室做博士后時，基于Kim教授的工作，實現(xiàn)了使用Tiamat或CanDo文件格式進行無晶格建模，并與Hao Yan教授（亞利桑那州立大學）的實驗室合作發(fā)表成果，同時還開發(fā)了從CanDo有限元建模預測生成原子結(jié)構(gòu)以及使用布朗動力學模擬DNA組件長時間尺度動力學的功能。CanDo利用DNA的機械模型預測程序化DNA組件的三維溶液形狀和靈活性，將相鄰DNA雙鏈連接起來的雙鏈交叉基序納入其中，以預測復雜的三維形狀，其有限元模擬最初使用ADINA軟件，2018年3月1日起，其在線服務器更換為達索系統(tǒng)公司的Abaqus軟件。用戶可以通過caDNAno、Tiamat或CanDo文件格式生成輸入DNA拓撲結(jié)構(gòu)來運行CanDo，既可以使用在線服務器，也可下載到本地計算機運行（需安裝MATLAB、UCSF Chimera以及Abaqus或ADINA軟件）。CanDo的開發(fā)得到了美國海軍研究辦公室、美國國家科學基金會、美國陸軍研究辦公室、韓國國家研究基金會等的資助，達索系統(tǒng)公司為CanDo在線網(wǎng)絡服務器提供免費使用Abaqus有限元求解器的許可條款。使用CanDo進行科學研究時，建議用戶引用相關主要和次要出版物，以對其發(fā)明者和開發(fā)者進行科學歸因 。